擠奶過程中，難免混入奶里羊毛、雜草、糞末、皮屑和灰塵等雜物，其中帶有大量的細菌，可使奶很快變質。因此，擠奶時和分裝時，應進行二至三次濾過一般可在奶桶上放置一個過濾筒，上面鋪墊兩層醫用紗布或三至四層尼龍窗紗。擠出的奶，通過過濾筒進入奶桶，進行第一次濾過。
過濾筒可根據奶桶口徑大小，做一個圓形篩筒，深20厘米，筒的底部和半腰周圍打眼，筒口有向外的傘沿，擠奶時將鋪墊好紗布的過濾筒裝在奶桶上即可。擠完一只羊后，奶水往大桶倒時，應進行第二次濾過。這樣經過現場的兩次濾過，奶中的一般雜質就可除去。但特別細小的雜質和細菌仍然會存在，所以在送到加工廠進行加工或用戶飲用前，應當再進行濾過和消毒。
奶是食品，凡是能引起變質、變味或有害于人體健康的消毒藥物或消毒方法都不能使用。目前常用的鮮奶消毒方法是加溫消毒殺菌法。根據奶的用途，可選用下列方法:①低溫消毒殺菌法:將奶加溫到6265℃，保持三十分鐘。此法不僅可以殺滅全部致病菌，而且不會引起奶中成分的顯著變化，除微量的乳蛋白沉淀和少量磷酸鈣分解外，只有淀粉酶及部分維生素C被破壞。在加溫中，奶中二氧化碳揮發，酸度略有下降。使用此方法消毒的奶，能保鮮五個小時，可供一般飲用。
②中溫消毒殺菌法:將奶加溫到70-72℃，分別保持二十分鐘和十五分鐘。此法可將用低溫消毒殺菌法不易殺死的耐熱菌、嗜熱菌和孢子等殺死。食用更安全。制作煉乳多用此法消毒殺菌。
③高溫消毒殺菌法:將奶加溫到72-75℃，保持十五至十六分鐘，或加溫到80—85℃瞬間即可，制做奶粉、奶油常用此法。
④煮沸消毒殺菌法:用鍋將奶加溫煮開即可。此法多為自養奶山羊擠奶供食用時所采用。般把煮開的奶再加入百分之八左右的白糖，充分攪拌溶解，候溫飲用。全此外，目前有些國家利用紫外線、超聲波等對奶進行消毒殺菌。